Pesantren Al-Ma'tuq adalah lembaga pendidikan dibawah binaan Yayasan Lajnah Khairiyah Musytarakah Jakarta, diresmikan pada tanggal 2 Dzulqa'dah 1417 H / 11 Maret 1997 M, oleh Bupati Sukabumi dan Duta Besar Kuwait untuk indonesia pada saat itu.
Secara administrasi pemerintahan, Pesantren Al-Ma'tuq berada di wilayah Kabupaten Sukabumi, tetapi secara geografis lebih dekat ke pusat Kota Sukabumi. Jarak antara Pesantren Al-Ma'tuq dengan pusat Kota Sukabumi adalah kurang lebih 7 km, sedangkan dengan pusat Kabupaten Sukabumi berjarak sekitar 70 km. Dengan kondisi seperti itu, Pesantren sangat mudah dijangkau dengan kendaraan umum atau pribadi, baik dari arah Bogor dan Jakarta maupun dari arah Cianjur dan Bandung.
Pesantren Al-Ma'tuq juga memiliki letak geografis yang strategis di kaki gunung Gede dan berada di lintasan rekreasi bukit dan danau situgunung, berhadapan dengan suasana kehidupan dinamis di segitiga Jawa Barat, Banten, dan DKI jakarta. Dengan suasana desa yang asri dan udara yang sejuk, dan latar belakang pesawahan yang terhampar sejauh mata memandang, merupakan suasana yang kondusif dan sangat mendukung untuk para santri berkonsentrasi menuntut ilmu.
Di awal masa pendiriannya, Pesantren Al-Ma'tuq dikhususkan untuk menampung anak-anak yatim dari berbagai daerah di Indonesia dalam bentuk panti. Namun dalam perkembangan selanjutnya Pesantren menyelenggarakan pendidikan sendiri dan masih dikhususkan untuk anak-anak yatim. Baru pada tahun 2007-2008 dibuka kesempatan untuk santri non yatim karena melihat antusiasme masyarakat untuk menitipkan anaknya di lembaga pendidikan berkualitas.
Pada saat pendirian, luas area Pesantren 3.600 m2 yang merupakan wakaf dari Bapak Ir. H. Salim Bakri. Adapun pembangunannya didanai oleh Syekh Abdul Hamid bin Abdullah Al-Ma'tuq atas nama keluarga besar Abdullah Al-Ma'tuq melalui Yayasan Lajnah Khairiyyah Musytarakah.
Secara bertahap Pesantren pun berusaha membebaskan dan atau membeli sejumlah tanah di sekitar Pesantren dan terus mengembangkan pembangunan-pembangunan untuk menunjang sarana pendidikan dan pengasuhan yang kondusif. Hingga saat ini luas area Pesantren lebih dari 60.000 m2.
Pada Tahun 2011 Pesantren mulai merintis penerimaan santri putri, dengan dukungan donatur Syeikh Abdurrahman Al-Zamil untuk pembangunan asrama dan segala sarana pendidikannya, sehingga lingkungan pendidikan putri Kami sebut dengan Markaz Al-Zamil.
Kemudian pada tahun 2016 Pesantren Al-Ma'tuq merintis berdirinya pondok tahfizh Al-Qur'an berjarak sekira 500 meter dari Pesantren, dengan sokongan dana pengembangan dari Ir. Thariq Al-Bassam. Lingkungan pendidikan tersebut Kami namai dengan Markaz Tahfizh Al-Bassam.
Satu tahun sebelumnya, tahun 2015, Pesantren pun telah memulai pendidikan tingkat SD dengan bangunan sederhana di seberang pesantren, hingga pada tahun 2017 ada donatur yang bernama Syekh Muhammad Al-’Unaizy yang mendanai pembangunan yang lebih refresentatif di lokasi lain berjarak sekitar 300 m dari Pesantren. Lingkungan Pendidikan tersebut Kami namai dengan SD Al-’Unaizy.
Seiring dengan memulai pendidikan tingkat Dasar pada tahun 2015, Pesantren menginginkan adanya lembaga Pendidikan Anak Usia Dini (PAUD) di lingkungan Pesantren maka dimulailah Pendidikan PAUD yang diberi nama “Kelas Persiapan”, karena kegiatan ini berbarengan dengan kegiatan Sekolah Dasar Qur'an (SDQ) Al-Ma'tuq sampai akhir semester ganjil tahun pelajaran 2018/2019. pada awal semester genap tahun pelajaran 2018/2019 berdirilah Taman Kanak-Kanak Islam Terpadu (TK-IT) Al-Ma'tuq.
Pada tahun 2020 Pesantren Al-Ma'tuq menambah markaz baru untuk program tahfizh putri, lokasinya persis di belakang Markaz Al-Zamil. Markaz baru tersebut dinamai dengan Markaz Tahfizh Al-Afaf.
Maka jadilah keorganisasian Pesantren Al-Ma’tuq melingkupi enam lingkungan pendidikan: Al-Ma’tuq, Al-Zamil, Al-Bassam, Al-’Unaizy, TKIT Al-Ma’tuq, dan Markaz Tahfizh Al-'Afaf yang masing-masing dipimpin oleh Mudir Markaz di bawah koordinasi dan pengawasan Mudir ’Am sebagai pemimpin umum.